法律分析：
重大刑事案件中存在的问题
案发现场未能及时提取作案工具。如董某某故意伤害（致死）案，案发现场为施工工地，作案工具为一根施工用的长条木方，案发后当地派出所出警，嫌疑人未离开作案现场，亦未处理作案用的木方。
但出警侦查员没有及时从杂乱的施工现场中提取作案工具，导致作案工具可能与现场杂物混同或灭失，案件移交刑警队后现场勘查已无法找到作案工具，仅提取一根类似的木方移送起诉，无形增大诉讼难度。
普通刑事案件中存在的问题
1、犯罪行为涉嫌数罪或处断的一罪时侦查和取证工作不全面。如王某盗窃案，采取破坏机动车玻璃的手段窃取车内财物，机关仅就失窃财物作为犯罪数额，进行价格鉴定。
而本案中犯罪嫌疑人对机动车破坏造成的损失为5万余元，涉嫌故意毁财的法定刑已超过失窃涉案财物盗窃罪的法定刑，却未进行相关价格鉴定，导致侦查取证工作缺失。
法律依据：
《机关办理刑事案件程序规定》
第五十一条 机关必须依照法定程序。收集能够证实犯罪嫌疑人有罪或者无罪、犯罪情节轻重的各种证据。
严禁刑讯逼供和以威胁、引诱、欺骗或者其他非法的方法收集证据。必须保证一切与案件有关或者了解案情的公民，有客观充分地提供证据的条件，除特殊情况外，并且可以吸收他们协助调查。
第五十二条 机关向有关单位和个人收集、调取证据时，应当告知其必须如实提供证据。对于涉及国家秘密的证据以及获取犯罪证据的技术侦查措施，应当保守秘密。凡是伪造证据、隐匿证据或者毁灭证据的，都必须受法律追究。
第五十三条 机关向有关单位和个人调取实物证据，应当经县级以上机关负责人批准，开具《调取证据通知书》。被调取单位、个人应当在通知书上盖章或者签名，拒绝盖章或者签名的，机关应当注明。
机关向有关单位收集、调取的书面证据材料，必须由提供人签名，并加盖单位印章；机关向个人收集、调取的书面证据材料，必须由本人确认无误后签名或者盖章。