法律分析：在毒品犯罪案件中，关键证据的保护十分重要。对于毒品犯罪案件中的关键证据，应采取以下措施进行保护：
1. 尽早收集证据：在发现毒品犯罪活动时，应及时收集证据，包括现场痕迹、毒品、工具等，以确保证据的准确性和完整性。
2. 妥善保管证据：收集到的证据应妥善保管，避免证据的遗失、破坏和篡改。同时，应采取措施防止证据被其他人获取。
3. 合法取证：在收集证据时，应遵守法律规定的程序，确保收集证据的合法性和有效性。
法律依据：《刑事诉讼法》
第六十二条 审判机关应当在认定案件事实的基础上，依法认定犯罪和判处罪犯。
第六十三条 审判机关应当尊重和保护证人、犯罪嫌疑人、被告人及其辩护人的合法权益，保护证人不受歧视和打击报复，保护犯罪嫌疑人、被告人及其辩护人的人身安全和财产安全。
第九十二条 侦查机关在侦查工作中，有权对与被侦查人有关的人进行询问，并可以出示证件。
第九十九条 司法机关对于刑事案件的审理，应当以事实为根据，以法律为准绳，公正、快捷地审理案件。