扣缴义务人申报和综合年度申报区别如下：
1、申报时间不同：扣缴义务人申报是指依法应当扣缴缴纳税款的单位或个人，在扣缴后应当在规定时间内向税务机关申报纳税事项的行为。而综合年度申报是指纳税人在纳税年度结束后，应当在规定时间内向税务机关申报纳税事项的行为；
2、申报内容不同：扣缴义务人申报主要是对自己扣缴的税款进行申报，包括所扣缴的税款种类、金额等信息。而综合年度申报则是对纳税人全年的收入、支出、减免等情况进行申报，包括工资、奖金、利息、股息、房屋租金、医疗费、子女教育等各项收支情况；
3、申报方式不同：扣缴义务人申报一般是通过税务局的网上申报系统进行，也可以通过纸质申报方式进行。而综合年度申报一般是通过网上申报系统进行，也可以通过纸质申报方式进行。另外，综合年度申报还需要进行纳税申报表的填写，包括主表、附表和明细表等。
综合年度申报的立案标准：
1、纳税额标准：纳税额是指企业按照税法规定缴纳的各项税款总额，包括、企业所得税、个人所得税等。一般来说，纳税额达到一定标准（如年度纳税额超过30万元）的企业可以进行综合年度申报；
2、资产规模标准：资产规模是指企业在规定期间内的总资产额，包括流动资产和固定资产等。一般来说，资产规模达到一定标准（如年度资产总额超过300万元）的企业可以进行综合年度申报；
3、雇员数量标准：雇员数量是指企业在规定期间内的员工总数。一般来说，雇员数量达到一定标准（如年末职工总数超过100人）的企业可以进行综合年度申报。
综上所述，在扣缴义务人申报和综合年度申报中，申报人需要提供真实、准确的申报信息，以免因填报错误或漏报等情况而被罚款。
【法律依据】：
《中华人民共和国税收征收管理法》第一条
为了加强税收征收管理，规范税收征收和缴纳行为，保障国家税收收入，保护纳税人的合法权益，促进经济和社会发展，制定本法。
第二条
凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用本法。
第三条
税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权规定的，依照制定的行规的规定执行。
任何机关、单位和个人不得违反法律、行规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行规相抵触的决定。
第四条
法律、行规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。
法律、行规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。
纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。