纳税人申请减免个人所得税的具体流程：持税务登记证副本，填写《涉税事项综合申请表》，提出申请和领取《受理回执》；备齐所需资料，待主管税务机关收取资料和调查审核；凭《受理回执》领取批复。可以规定其他减税情形，报全国人民代表大会常务委员会备案。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国个人所得税法》第五条
有下列情形之一的，可以减征个人所得税，具体幅度和期限，由省、自治区、直辖市规定，并报同级人民代表大会常务委员会备案：
（一）残疾、孤老人员和烈属的所得；
（二）因自然灾害遭受重大损失的。
可以规定其他减税情形，报全国人民代表大会常务委员会备案。