对合同违约金开票的方式是：如果是在一方当事人销售商品、提供服务以及从事其他经营活动时支付的，则应由收款方向付款方开票，且应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖的专用章。
【法律依据】
《中华人民共和国管理办法》第十九条
销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具；特殊情况下，由付款方向收款方开具。
第二十条
所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项，应当向收款方取得。取得时，不得要求变更品名和金额。
第二十一条
不符合规定的，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。
第二十二条
开具应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖专用章。